Tuesday, 10 December 2013

Connected component features for parasite spotting

Fred Kiwanuka and I recently tried using connected component features and max-tree filters to improve the performance of our malaria parasite detection system with blood smear images.

The idea is to take connected components of image patches at different threshold levels, like this:

Example image patch containing a malaria parasite on left, connected components at different threshold levels on the right.

We then calculate various morphological features for each component, such as moment of inertia, elongation and jaggedness. Computing the max-tree of component hierarchy (indicating which components are contained within other components) make it possible to calculate some other features. From all the components in an image patch, we compute the 10th, 30th, 50th, 70th and 90th percentiles of each feature, giving us a standardised feature vector.

Using these feature vectors to learn labels for many image patches (where label 0="no parasite", 1="parasite") with an Extremely Randomised Trees classifier, the discriminative performance is quite good.


 Another way of assessing whether the detection is working is to look at image patches in a set of test images and sort them according to classification probability:

Patches classified confidently as positive cases are on the top row, and confident negatives are on the bottom.

In general we're starting to get within range of the performance of an expert lab technician, and these results are also significantly better than anything we've managed to achieve with features developed for natural images, such as SURF, SIFT, or Haar cascades. However we can't yet get reliable detections with very low parasite concentrations in the blood, so it looks like a bit of refinement is still needed before getting further into clinical testing.

More technical details can be found in this forthcoming book chapter.

1 comment:

  1. Thanks for sharing, nice post!
    - Máy đưa võng hay vong em be tu dong đang chiếm được cảm tình của đông đảo người tiêu dùng bởi tính tiện dụng của dung cu dua vong tu dong, những lợi ích mà đưa võng tự động mang lại là vô củng thiết thực. Với may dua vong hay thiet bi dua vong tu dong bạn sẽ không còn phải lo lắng quá nhiều về giấc ngủ của bé, với máy đưa võng bạn sẽ có nhiều thời gian để làm được nhiều việc khác.
    - Với nhãn hiệu uy tín, sản phẩm máy đưa võng chất lượng, An Thái Sơn tự hào là địa chỉ bán may dua vong tu dong gia re uy tín nhất cho bé.

    Chia sẽ các bạn giúp trẻ nhanh biết nói hiệu quả, nguyên nhân và cách trị chứng mất ngủ ở trẻ em hiệu quả hay mách mẹ bí quyết cải thiện làn da cho bé hiệu quả nhất, chia sẻ bí quyết giúp bé ngủ ngon giấc hay tìm hiểu về đông trùng hạ thảo và những cách chế biến đông trùng hạ thảo nguyên con, chia sẻ các mẹ nguyên nhân và cách chữa trị bệnh rụng tóc ở trẻ em hiệu quả, những cách chống nắng cho bé hiệu quả trong những ngày hè hay thực phẩm giúp giải độc gan cho bạn, thực phẩm thiên nhiên giúp nhanh liền sẹo hiệu quả, cách phòng trị bệnh viêm khớp ở trẻ em an toàn, những thực phẩm bổ não cho trẻ giúp cải thiện trí nhớ, những thực phẩm không nên ăn khi thiếu máu não bạn nên lưu ý, chia sẻ thực phẩm cho người bị rối loạn tiền đình hay người bị bệnh mất ngủ nên ăn gì hoặc món ăn chữa bệnh mất ngủ cực hiệu quả!
    Chăm sóc da mặt ở http://chamsocdamato.blogspot.com/
    Cách chăm sóc da mặt bằng http://cachchamsocdamatbang.blogspot.com/
    Dạy trẻ sơ sinh tại http://daytresosinh.blogspot.com/
    Bí quyết giảm cân hay tại http://biquyetgiamcanhay.blogspot.com/

    ReplyDelete